1. 新教和天主教都承认耶稣基督为唯一的救赎道路，都认为“因信称义”。所谓“因信称义” 有广义和狭义之分。广义指信仰得到救赎和在神面前得到称义的必要条件，此为所有正统教派所信奉。狭义指新教尤其是马丁路德关于如何得救的教义。马丁路德从保罗的《罗马书》中的因信称义的观点引申出信徒可以由于信仰神而直接成为义人，不再受功德律的支配，他们通过自己的信仰而与基督建立了新的关系。灵魂的得救不是教会的工作，是神把恩赐给了他的信仰者。因此，信徒不必依靠教会极其繁琐的宗教礼仪，只凭对神虔诚信仰就可以得到灵魂的拯救。而天主教认为除了靠信德（信心）之外，还需遵循神的旨意行善工，行圣事，以及不断向神长忏悔得到救赎。新教的牧师一般只作为灵性的指导者，并无赦罪权柄，而天主教神长都握有神权，能赦免信徒的罪过。
2. 在天主三位一体的基本教义上，天主教完全信奉。新教所有的正统教派接受信奉，有的异端教派如唯一神派和耶和华见证人派则予以否认。关于七件圣事，天主教都一一遵行。基督教除圣公会外，其他教派基本只奉行圣洗圣事。对圣体圣事，他们则称之为圣餐。至于对其他圣事，如坚振、弥撒圣祭、告解、病人傅油〔终傅〕、圣秩、婚配等圣事都不同程度地不认可。
至于婚姻，天主教拒绝任何形式的离婚，而新教则许可在某些特定原因上的离婚，如奸淫等，但仍然要求能挽留的尽量挽留。
天主教的有品级的神职人员以及发了三愿的修女都要持守独身，一生不婚，奉献给天主。而新教无此规定，除明确有独身呼召的某些信徒外，都可自由建立家庭。
3. 关于教义，天主教认为教义的来源有二，即圣经和圣传，称为信德宝库。新教各教派只承认圣经为教义唯一根源，将教会传统至于圣经之下。
4. 新教和天主教的《圣经》在旧约卷数上有所不同。新教为39卷，天主教为46卷。主要的争议在于《次经》的地位。所谓次经是指几部存在于希腊文七十士译本但不存在于希伯来文圣经的著作。次经的权威地位，教会中存在两种意见。奥古斯丁认为次经是圣经的一部分。而哲罗姆（一译：耶柔米）认为次经在权威上不及希伯来圣经，只能用作信徒道德的教化，而不能作为信仰的依据。这两种观点在中世纪一直争论不休。宗教改革时，马丁路德追随哲罗姆的观点认为次经缺乏信仰权威，只是有益的读物，将其从正典中去除。新教教会继承路德的主张，形成39卷的旧约。1546年，天主教的特兰托会议正式定次经为正典，视其为“神圣的经典”应受到“相应的信仰与尊重”。从此天主教确定了46卷的旧约。（天主教收录的次经包括：巴路克、多俾亚传、友弟德传、智能篇、德训篇、玛加伯上及玛加伯下等七卷以及但以理书、以斯贴记的补篇）。
5. 天主教有洗礼、坚振、圣体（即：圣餐）、婚配、告解（向神长忏悔赦罪）、圣秩（也称神品）、终傅等七件圣事。而新教仅基本上只保留了圣餐和洗礼两件圣事。而且在圣餐的理解上有很大不同。
天主教认为在举行圣餐时，经过神父祝圣的饼和葡萄汁会化质为耶稣基督的实体实血。基督用他的身体和宝血真正地、实在地、体质地与饼和葡萄汁融合而一。因此被称为“圣体血”。这是变质说。
而马丁路德认为是同体说。慈运理仅认为饼和葡萄汁只是对耶稣基督救赎的纪念，并非神秘仪式。而加尔文则主张“属灵的同在”。
此外，举行圣餐时，新教徒都可领取杯饼，而天主教普通信徒在多数的弥撒中只能领取圣体（饼）。
6. 在信仰内容及教务行政上，世界各国天主教会信奉同一教义，认信“唯一至圣从宗徒传下来的教会”，并认为教宗在作为教会众牧之长，行驶教宗权颁布信理之时是准确无误的。
新教各教派则不然，在教义及圣事上虽然有牧师，主教，长老教导教会，但不承认他们没有错误。一切以圣经为准。
7. 对耶稣基督的母亲玛利亚，天主教极其敬礼。天主教认为她是耶稣的母亲，她养育了耶稣，当耶稣代人赎罪受苦受难时，她在精神上分担了耶稣的痛苦。耶稣基督都很敬爱她，我们作基督信徒的，对她也该予以尊敬。且因为圣母玛利亚拥有许多美德，如服从上帝、谦卑自下、忍耐宽仁、慈善助人等，是为人处世的榜样，值得我们效法敬重。天主教恭敬圣母玛利亚，认为藉着她与众圣徒的代求。我们可以蒙天主的垂听。
而新教对马利亚仅仅是敬重，不认可她是无染原罪的天后，也反对圣徒代求的教义。
8. 天主教许可在教堂或教友家中供奉圣像（比如：耶稣、天使、圣徒的圣像），供信徒瞻仰敬礼。圣像起源于中世纪，由于当时教育不普及，文盲很多，不少人无法读经。因此，教会供奉圣像，使信徒通过它明白圣经的故事。天主教认为，供奉圣像不是偶像崇拜，并非让人尊敬该像本身，而是助人引发睹像思人之心，比如目睹耶稣苦像，内心就会想起耶稣被钉死在十字架上代人赎罪之大恩。
新教以十诫中“不可雕刻偶像”为依据，反对供奉圣像，认为是偶像崇拜。新教教堂一般只设十字架标志。
9. 天主教的弥撒较为复杂，除此之外还有很多仪式。而新教主日礼拜则除开圣公会外，大多比较简单。
新教尤其是华人教会一般只纪念圣诞、受难、复活等节日，天主教除此之外对于圣神降临节等许多节期也很看重。
天主教有隐修制度，新教没有。
天主教将一些信德表率册封为圣徒，并以其为代求者，新教无此教义，认为人人皆祭司皆圣徒。
新教教堂一般比较简约，而天主教教堂则富丽堂皇。
天主教都有朝圣活动，新教则无。
在中国，关于祭祖，天主教认为慎终追远、发扬先祖的美德，在一些时候举行祭祖典礼，遵循天主十戒第四戒。新教反对祭祖典礼，认为是崇拜偶像。一般行鞠躬礼。
10. 关于创造宇宙万有的真神主宰之名称，天主教方面，当明朝末年利玛窦神父刚到中国传教时，曾用中国经书上所用之“天”或“上帝(特指天帝，即玉皇大帝)”之名，以后改用“天主”之名。基督教方面则用“上帝”之名，为了区别于中国的某些称呼，也以“神”之名称。关于天主三位一体中之第三位，天主教从圣经原文译为“圣神”，基督教方面则译为“圣灵”。圣经上有许多人名或地名，由于音译之故，天主教与基督教所译者，有的相同，有的不相同。不同者颇多，兹略举数则：地名方面，耶稣诞生之地，天主教译为白冷，基督教则译为伯利恒。耶稣成长之家乡，天主教译为纳匝肋，基督教则译为拿撒勒。人名方面，耶稣的宗徒如伯多禄、保禄、玛窦、马尔谷和若望，是天主教按拉丁文所译者;基督教方面则按英文译为彼得、保罗、马太、马可及约翰。其他不同译名尚多，兹不多赘。
11.炼狱指的是天堂与地狱之间的地带。天主教根据次经《马加伯传下》12章40-45节的记载确立了炼狱存在的理论。认为人死后必须经历精炼，将人身上的罪污加以净化，才能升入天堂，按教会传统人类存在七大罪过，在炼狱对自己的过错忏悔，使灵魂得到洗涤。但丁在《神曲》中就描绘了中世纪人们的炼狱观念。天主教徒将为亡者祷告视为一种功课。马丁路德觉得炼狱说在《圣经》中的证据不充分，又认为炼狱说是为教会兜售“赎罪卷”提供理论支持，造成腐败，因而断然否认炼狱的存在，强调灵界只有天堂和地狱两个世界，并无中间地带，人的归宿仅在于是否“因信称义”。之后的新教教会继承了路德的观点，否定炼狱的存在，认为替死人祷告无益。
12.新教与天主教最大的差异当首推中保论。中保在希伯来语中为 “中间人”，指的是神与人之间交流的通道。人因犯罪而与神隔离，神为了与人修复关系亲自设立了中保。在旧约时代，神呼召摩西、以利亚等祭司、先知作为中保，引导以色列人认识神，求神赦免人的罪过，并传递神的旨意。圣子耶稣基督道成肉身，经历十字架受难，以及死后复活真正完成了神的计划。通过耶稣的降生、代死、复活，神和人的隔阂已完全修复了，神人关系从此和好。升天后的耶稣基督成为人类的中保，为人类代求。使徒保罗指出：“在神与人中间，只有一位中保，乃是降世为人的基督耶稣。”（提前2:5）新教认为，信徒只要信靠耶稣基督，专一仰望他就能与神沟通，不需要通过任何天使或圣徒。而天主教则认为，人除了基督作为中保外，还需要加上圣母。天使以及众圣徒的代求和转祷，所谓“分享了中保地位”。
他们根据次经《多俾亚传》12章12节天使拉斐尔的代求以及《马加伯传下》15章14节先知耶利米的代祷确立了理论基础。在所有圣徒中，圣母玛利亚地位最为崇高。天主教并未将玛利亚视为神，但认为玛利亚是天主特别为耶稣道成肉身而派到人间的，她无染原罪，。迦拿婚宴则说明玛利亚有为世人代求的能力，她可以为世人祈求赦罪。她还是人类服从的代表, 和夏娃的悖逆正好相反。同时认为玛利亚的崇高德行为教会、信徒的楷模。又因其信德、爱德及与基督完美结合，成为教会的预表。
而新教对于马利亚的信望爱值得尊敬，是圣徒之榜样，但不认可敬礼和代求。
