新教强调因信称义、信徒人人都可为祭司和《圣经》具有最高权威三大原则。这是和天主教针锋相对的，是新教各派共同的特点。
因信称义
新教救赎论的核心，主张得救是“本乎恩也因着信”。根据基督教教义,人因有原罪和本罪,不能自救，在上帝面前不能称义。唯一的救法是借上帝之子基督将救恩赐给世人。因此，拯救的根源来自上帝的恩典。这是基督教各派共同的信仰。至于如何使罪人获得这种恩典，收到得救的效果，天主教主张除了信仰外，还必须凭借圣事，通过天主教教阶制的神职人员，才能将救恩颁赐给信徒。在新教看来，这是把圣事作为上帝和人之间的一种“交易”，因为天主教规定信徒必须按教会的要求履行某些功课或善行，如做弥撒、奉献、悔过、补赎等,表示自责或补偿,才能得到上帝的恩典。教会神职人员（神父、主教和教皇）成为垄断救恩的代理人。新教认为这不仅违背《圣经》的教训，而且带来许多弊端，根据《新约》的《罗马人书》和《加拉太书》的教训，认为遵守律法和诫命不能使人称义。得救的真谛在于相信和接受耶稣基督为主，凭借信心，通过圣灵的工作，使信徒和基督成为一体。由于这种神秘的结合，基督的救赎就在信徒身上生效，使信者“还是作为罪人的时候，在上帝面前得及被称为义”。新教认为行善是应该的，但这是重生得救的表现，而不是一种功德，其本身没有使人得救的效能。这种得救观对天主教用来垄断救恩的圣事观和圣职制起了釜底抽薪的作用。
可为祭司
新教认为既然只凭信心即可得救，那么信徒人人均可为祭司，无须神职人员作为神人之间的中介。此外,信徒还可以互相代祷,每个信徒都有在宗教生活中彼此照顾相助的权利和义务，都有传播福音的天责。这就冲淡甚至取消了神职人员与一般信徒之间的差别。虽然新教的多数宗派仍然保留教务专职人员（牧师等）的职称和封立仪式,但这主要是职务上的标志,不意味着具有颁赐恩典的特权。
最高权威
这也是针对天主教提出的。天主教虽然不否认圣经的权威，但坚持圣经的解释权属于教会。实际上就把有关宗教信仰的一切问题，包括教会传统(教父遗训、教会法规，以及历届公会议的决定)的最高权威集中在天主教会和教皇身上。新教则主张唯有圣经才是最高权威、每个信徒都可以借圣灵的引导直接从圣经领悟上帝的启示和真理。新教一般虽然接受最初几次公会议关于三一论和基督论等的教义和有关的信经，也认为教父遗训有指导作用，值得尊重，但都不能和圣经同等看待。当然新教更不受后来天主教历次公会议的决议和教会法规的约束。宗教改革以后，新教将圣经译成各种民族语言，并致力于圣经的传播和注释工作。但新教各派对圣经的解释和用法不尽一致。如基要派强调圣经的每句每字都出自上帝的灵感，绝无讹误，其他一些派别的神学家却认为圣经是上帝启示的记录，它反映了圣经各卷的作者在不同时代对上帝启示的感受和理解。可以应用文字考据和历史考证的方法研究和解释圣经，以发现其中蕴藏的真理。这样，在新教内部，对圣经作为最高权威的理解，长期存在着争论。
圣事
新教一般只承认两种圣事，即圣餐礼和圣洗礼，认为是圣经明确记载由基督亲自设立的礼仪。天主教和东正教则认为除这两种外，还有坚振、告解、终傅、神品和婚配五种圣事，并认为也都由耶稣亲自设立，也可在圣经上找到根据。新教的某些宗派，如圣公会，也保留由教会施行坚振礼，按立圣职和婚配的仪式，但不认为这些具有完全的圣事意义。对圣事的解释，新教各派也不尽一致。一般说来，路德宗最接近天主教，认为圣事本身具有神秘的能力，如在圣餐礼中，饼、酒经过祝圣之后，虽然不像天主教认为的那样变成了基督的身体和血（即变体论），但已有基督的身体和血与之同在(即体同在论)；洗礼也能使受洗者立即变为新人。茨温利和浸礼宗则认为圣餐礼仅具有象征或纪念的意义，饼酒仅代表基督的血肉，并不是基督的血肉；洗礼也不过是与上帝订立新的表记，表明受礼者与基督同死同复活，而与基督的生命联合，并不意味着神恩的具体施受。归正宗和安立甘宗则容许在上述两派之间，可以有各种不同的理解。这个问题，在新教各派间也曾长期存在争论。
新教各派一致拒绝天主教将一切权力集中在以教皇为首的教阶体制中。新教各派在形成过程中，根据各自的社会政治背景和教义主张，采用不同的教政原则，并都自称是以《新约》的原始教会为模本。大体有三种教政体制：
主教制
各主教区的管理权集中于主教，下设牧师（一称会长）和会吏。各大地区（或国家）的全体主教组成主教团（或主教院），形成该大地区（或国家）教会的集体领导核心。在世界范围则无统一的领导人物或机构。安立甘宗为其典型代表。
长老制
由信徒推选平时从事社会职业的信徒领袖数人任长老，掌管教务权力，并委派或选举牧师执行教务；若干地方教会的长老和牧师联合组成区会，对其下属地方教会有领导权。这可以说是一种共和体制。故采用这种体制的归正宗，亦名长老宗。
公理制
或称会众制，由各教堂的全体信徒会众直接执掌教务权力并聘任牧师，各堂皆独立自主，同一宗派教会的联合组织对各教会没有领导权。采用这种制度的有浸礼宗、公理宗、基督会等。
