在现代育种技术、转基因作物和大型种子公司的排挤之下，中国大量的地方品种不仅没有市场定价的权利，甚至因为缺乏市场竞争力，逐渐消失了。
从2003年开始，中国科学院农业政策研究中心的研究员宋一青和团队多次调查研究了中国西南的广西、云南和贵州三省，尤其是山区当地种子的多样性。她对“中外对话”说，有很多地方种随着商业种子的普及逐渐消失了——在云南宝山的石头城，村里以前大量种植青稞大麦，现在只有一两户人家种青稞，大麦则只剩一个品种，也是因为当地需要用它酿酒才保留下来。农民以前吃菜籽油，在气候变暖以后，菜籽植株开始大量生虫，需要洒更多农药，不合算，农民便大多放弃种植。目前这里普遍种植的是小麦、杂交玉米和水稻。
宋一青说，种子是活的，是不断自我更新的。它们在自然中生存，和自然有交流，能够获得适应环境变化的新基因，基因库的种子无法替代那些在生产中消失的种子。而且，地方品种是适应当地气候的，商业种子则可能无法适应当地气候。
中国的国家和地方农科院都设有基因库，存贮了多种农作物的种子，以保存基因的多样性。宋一青团队在地方搜集了176个农家种，并把它们和基因库里30年前留存的、同产地同品种的种子一一进行了基因对比，发现新搜集的种子比基因库种子基因更丰富、更多样性、抗逆性（植物抵抗恶劣环境的特性）更强。而多样性，正是生态系统抵御自然灾害的重要方式。
宋一青提到，更糟糕的事情是，现在大量的商业性种子采用相同和相近的亲本（用于杂交的母本和父本）进行杂交，导致大量的杂交品种的基因基础狭窄。种质的多样性大大减小了。
她希望，中国应该出现更多像河北“一墩青”马铃薯那样的地方农业品种品牌。
“一墩青”是河北省怀安县种植了40多年的马铃薯品种，近年由于经过了品种改良，并坚持不添加任何化学药剂进行有机种植，在农产品博览会上赢得了良好的声誉。正是因为能够自己留种育种、掌控马铃薯的整个繁育过程，农民拥有更多自主的权利。
靠着“一墩青”马铃薯品种，当地发展成立了自己的可持续示范农场——“一墩青”怀安可持续示范农场，生产包括“一墩青”土豆在内的有机农产品。村民也已经以“一墩青”为名，在民政局注册了一个民间组织——“一墩青”农村发展促进会，不仅推广和延续了传统品种，也为这个当地品种争取了马铃薯市场的定价权。
市场贩售的种子，也称为商业种子，一般具有更高的产量，或者抗倒伏、抗虫等改良的性能，能获得农民的亲睐迅速占领市场。但是，据青岛农业科学院王殿纯说，为了保护自己的知识产权，种业公司的种子99%以上是杂交种，无法繁殖。农民因此需要不断买种子，种植的自主权利和利益受到很大的限制。
拥有自己的种子，并能够改良和交换种子，称为种子主权。它和农产品定价权一样，都是生产者应该享有的基本权利。但是，宋一青对“中外对话”说，在当前的中国，农民这种独有的权利正在丧失。
除了生态功能，种子还牵涉到文化传承等社会功能。留种、育种，都掺杂着农村的耕种活动和交流，是农村文化的一部分。如宋一青所说，“生物多样性和传统文化多样性、小农生计多样性是密切相关的，小农的问题，都是交织在一起的，动态的。”保护生物多样性、维护农民权利，都要考虑农民作为持续转承和创新者的多元价值和作用。
种子主权的申诉，并不是中国人才面临的问题。早在2011年，数千印度人曾发起“孟山都滚出印度日”，游行捍卫食物和种子主权，抵制大公司强行接管农业。孟山都是一个跨国农业生物技术公司，也是转基因（GE）种子的领先生产商，占据了多种农作物种子70%–100%的市场份额。
组织该活动的印度环境活动家、物理学家Vandana Shiva，曾在一篇文章中说，因为大的种子公司的扩张，不能繁殖的商业种子更加普遍，相关专利保护法的出台，也保护了育种者拥有对种子的专利权，缺乏法律意识的农民不仅失去了育种的权利，甚至不能保留自己的种子。因为每年都要花费昂贵的费用去买种子和农药等，农业投入增加收益却减少，农民的生活压力很大，自杀率一路飙升。
“种子主权是食物主权的根基，如果农民没有种子主权了，也就没有了食物主权。” Vandana Shiva在文章中说。
“食物主权”是指在享受粮食安全和食品安全的“人权”之外，生产、分配和消费食物的人有决定自己食物系统的权利。中国人民大学农村与农业发展学院周立教授告诉“中外对话”，食物主权有三个层面：农民有生产主权，即拥有生产资料、决定生产方式的权利；消费者有消费者主权，是决定购买意向的权利；国家主权层面，是保障粮食安全。
这是一种隐性的、长期存在的权利，却常常被大多数人忽略。在中国，这三方面都面临着威胁，其中最危急的，就是包括种子主权在内的生产者主权。
许多中国农民也在当下的农村改革中，失去了土地。农村集体土地的流转和征用是中共十八届三中全会的热点议题，农村集体土地的大规模流转和征用，可能导致土地重回大资本控制状态。农村改革的趋势是促进农业的规模化经营，小农的权益可能被进一步压缩。
河北大学中国乡村建设研究中心主任李昌平对“中外对话”说：“农民要维权，首要的是坚持当前集体所有制和家庭承包责任制相结合的农村土地制度（防止土地流转到大资本手中），其次是坚持保留部分农家种子。”
但是，中国维护食物主权的意识才刚刚醒过来。香港理工大学严海蓉教授从进口转基因大豆延伸出来的食物主权讨论，是一个很好的发端。
她在接受记者采访时说，大豆危机首先是国家粮食主权的危机。2012年中国大豆80%的消费量为进口的转基因大豆，对中国国产大豆形成了强势驱逐。中国大豆主产区黑龙江省，大豆播种面积从2010年的6470万亩，降低到了2012年的不足4000万亩。国产非转基因大豆市场被挤压，没有销路。同时，进口大豆的价格也从2006年的265.2美元/吨一路飙升到599.3美元/吨。随之上涨的大豆产品成本，都将由消费者来承担。
进口转基因大豆的系统影响，波及生产者、消费者和国家主权。中国大豆协会会长刘登高对“中外对话”说，中国大豆产业处在一种受绑架的状态，从主权角度来讨论，“种什么进口什么，进口多少，都应该由我们自己来决定。”
只是能看到这个层面的人还是少数。周立说，中国公民对食物主权的意识薄弱，加上中国的制度环境缺乏社会运动的基础，关注讨论这一问题的人还不多。
